بالا رفتن ترشحات چربی در کبد یکی از مهمترین مضرات استفاده بیش از اندازه تخمه کدو است. تخمه کدو دارای قند ساده می ‌باشد که در صورت استفاده بیش از اندازه اثر منفی روی کبد می‌ گذارد. در صورت استفاده بیش از اندازه تخمه کدو امکان دارد افراد با اضافه وزن مواجه شوند. افزایش فشار خون یکی دیگر از مضرات استفاده بیش از اندازه تخم کدو برای کبد چرب است.